Напълно подкрепям предположението за контролера - сигурно прегрява и прецаква файловата система. НЕ го пускай повече през тая кутийка. Извади харда, закачи го към някой компютър, пусни SMART поддръжката през БИОС-а(ако има такава опция, ако не, значи си е по default включена) и изчети SMART информацията за HDD-то с някоя програма, това ще ти покаже евентуални грешки с хард диска, ако има такива.
А да - и отговори на въпросите на 3246