да споделя аз как се оправих от тази ситуация. след доста ровене из чичо гугъл и чуждоземслите форуми.
оказа се, че при графичния начин на инсталиране на фонетична подредба промените не се прилагат в xorg.conf. ето в тази секция:
Section "InputDevice"
Identifier "Generic Keyboard"
Driver "kbd"
Option "XkbRules" "xorg"
Option "XkbModel" "pc104"
Option "XkbLayout" "us,bg"
Option "XkbVariant" ",phonetic"
Option "XkbOptions" "grp:alt_shift_toggle,lv3:ralt_switch,grp_led:scroll"
EndSection
Там където е variant между кавичките не се променяше(стоеше си празно и липсваше думата phonetic) след като избирах чрез графичния способ добавяне на фонетичната ми подредба.
просто трябваше да се преконфигурира "хикса"
sudo dpkg-reconfigure xserver-xorg
там избрах за varian phonetic и при следващият рестарт вече всичко бе така както се очакваше.