Не съм сигурен каква точно ти е крайната цел но ...
Ще се опитам накратко да обясня.
Когато пишеш код, който е компилиран с някакъв обикновен C компилатор, той се компилира до Win32 изпълним файл (обикновено).
Microsoft Visual Studio използва друг тип компилатор (май csc.exe се казваше), който ще компилира програмата ти до .NET изпълним файл. Пак ще е .exe, но на компютъра на който ще го пускаш трябва да има инсталиран .NET 1.1 / 2.0 / 3.5 в зависимост коя от платформите си задал в проекта като целева.
Т.е. ако имаш да пишеш примерно домашна работа и са ти казали да я пишеш на C според мен са имали впредвид въпросния изходен код да е изпълним Win32 код, а не .NET код. В този случай MSVS 2008 няма да ти свърши работа.
Ако пък искаш просто да се учиш може да го ползваш, но знай че не е абсолютно същото да пишеш под .NET и под обикновен C / C++. Разликата е че .NET има много допълинтелни библиотеки които ти помагат да свършиш дадена задача по - бързо (нарича се RAD - Rapid Application Development).
Надявам се да съм бил полезен