Абе то поддържа, ама по малко тъп начин. Щом се касае за голям отрязък от текст, най-вероятно в него ще имаш знак за нов ред. В диалоговия прозорец, в полето където задаваш какво търсиш не може просто да копираш текста съдържащ нови редове. Ще ти изреже всичко след първия засечен нов ред от клипборда. Можеш да избегнеш това, като преди да сложиш текста който търсиш, му заместиш новите редове със знака \n, но така цялото удобство отива по дяволите.
Дали има създаден plugin за notapad++ за тая цел или някой някъде си е направил нарочна програма - това не знам.
За големи текстове не е ли най добре ръчно да се правят нещата? То мързел мързел, ама е опасно всичко да ти е автоматично