Приложението е от типа програми, които вършат само едно нещо, но го вършат добре. Достатъчно е да кликнете с десния клавиш върху папка или файл и в контекстното меню да изберете Protect with FlashCrypt... Ще се покаже малко прозорче, което е и единствения интерфейс на програмата. В него има две полета: едното е за въвеждане на парола и другото, за нейното потвърждение. Допълнително има и три отметки: Enable File Compression може да се активира, ако преди шифроването на файловете е необходимо те да бъдат компресирани. При отбелязване на Do not delete original files се създава шифрована папка, като оригинала остава без промяна. Последната Enable password recovery facility позволява запазване на паролата по начин, позволяващ нейното възстановяване от разработчиците на програмата.
     За шифроване се използва се 256-битов алгоритъм AES. След приключване папката се отбелязва със специален знак, като отключването е възможно само с FlashCrypt.