Имам подобен проблем с линкове обаче. Под firefox и Opera всички margin-и и padding-и са наред, но при IE се получава точно същият номер с минаване на мишката отгоре. И то при изрично зададени стойности.
Повтаря се ситуацията от преди много години с браузъра на netscape - да се чудиш как да си пишеш кода.
Не мога да ти помогна. Просто нямам време да проследявам къде може да е причината, а и най вероятно няма да успея да я намеря. На Microsoft отдавна съм им брал лайката. Даже на страницата на моят сървър съм сложил следният надпис:
Internet explorer not supported. And never will be!
-------------------------------------------------------------------
При дизайна на страницата не се е търсила съвместимост с браузъра Internet Explorer. Няма да се търси и занапред!
Разбира се, един сериозен сайт няма как да не се съобразява с IE, така че успех и дано да изхабиш по-малко нерви в намирането на универсално и изчистено решение.