Пак Блендера ще ти свърши работа. От вер. 2.43 вече има доста възможности за видео обработка . А за твоя случай даже има дадено примерче в wiki-ръководството. И, естествено, винаги остава възможността да курдисаш някакъв полупрозрачен обект пред камерата още докато правиш клипа.